Coronavirusurile conțin cel puțin patru proteine structurale: proteina de suprafață (spike) (S), proteina de înveliș (E), proteina membrană (M) și proteina nucleocapsidă (N). Proteinele S, M și E sunt încorporate într-un strat lipidic, în timp ce ARN-ul viral cu sens pozitiv monocatenar (SS-ARN) este asociat cu proteina nucleocapsidică (N).
Proteina de suprafață (spike) (S)
Pătrunderea coronavirusurilor în celulă este dependentă de legarea proteinei virale spike (S) la receptorii celulari și de pregătirea proteinei S de către proteazele celulei-gazdă. Studiile au arătat că SARS-CoV-2 utilizează drept receptor enzima de conversie a angiotensinei 2 (ECA2) pentru pătrunderea în celulă și proteaza celulară TMPRSS2 pentru pregătirea proteinei S.
Proteina S este o glicoproteină transmembranară de tip I care joacă un rol important în medierea infecției virale. Proteinele S sunt constituite din două subunități, S1 și S2. Subunitatea S1 leagă receptorul celular prin intermediul domeniului său de legare a receptorului (RBD), ceea ce induce modificări conformaționale în subunitatea S2, care permit peptidei de fuziune să pătrundă în membrana celulei-gazdă. Proteina S reprezintă o țintă importantă pentru dezvoltarea medicamentelor specifice.
Proteina de înveliș (E)
Proteina E este o proteină mică, integral membranară, implicată în câteva aspecte ale ciclului de viață viral, cum ar fi formarea și asamblarea anvelopei, dar și în patogeneză. Studiile recente s-au concentrat pe structura și topologia sa, pe funcțiile sale de viroporină tunel de ioni și interacțiunile sale cu celelalte proteine virale, precum și cu proteinele celulei-gazdă. Coronavirusurile recombinate, cărora le lipsește proteina E, expun titre virale reduse semnificativ, maturare virală perturbată sau propagare virală redusă, ceea ce demonstrează importanța proteinei E în producția și maturarea virală.
Proteina membrană (M)
Proteina M este o componentă a anvelopei virale care joasă un rol central în morfogeneza și asamblarea virusului prin interacțiunile sale cu alte proteine virale. Proteina M este localizată între proteinele S din anvelopa virală, împreună cu un număr mic de proteine E și este principalul motor al înmuguririi virusului. În timpul asamblării virionului autentic, proteina M interacționează cu ea însăși, cu proteina N, dar și cu proteinele E și S. Proteina M are o imunogenitate celulară dominantă și provoacă un răspuns umoral puternic, ceea ce sugerează că ar putea servi drept țintă pentru un eventual vaccin.
Proteina nucleocapsidă (N)
Funcția principală a proteinei N este de a împacheta genomul viral într-un complex ribonucleoproteic (RNP) denumit capsidă. Acesta este o parte fundamentală a auto-asamblării și replicării virale. În plus, proteina N a SARS-CoV-2 afectează răspunsurile celulei-gazdă și ar putea juca un rol regulator în ciclul de viață viral.
Proteina N conține un domeniu N-terminal de legare a ARN și un domeniu de dimerizare C-terminal, împreună cu un linker central bogat în serină (Ser) și arginină (Arg). Domeniul N-terminal este responsabil pentru legarea ARN, domeniul C-terminal este responsabil pentru oligomerizare, iar linker-ul bogat în Ser/Arg are rol în fosforilarea primară.